A estrutura organizacional da Escola Waldorf Micael busca colocar em prática os princípios da Trimembração Social propostos por Rudolf Steiner: o princípio da LIBERDADE, no âmbito da atividade cultural, o da IGUALDADE, no âmbito jurídicoadministrativo, e o da FRATERNIDADE, no que diz respeito ao econômico.

Na esfera JURÍDICO-ADMINISTRATIVA, a responsabilidade é assumida pela ASSOCIAÇÃO MANTENEDORA, entidade civil e sem fins lucrativos, que é a mantenedora da escola, composta por pais, professores e amigos da escola.

Na esfera PEDAGÓGICA, o colegiado de professores e a Conferência Pedagógica delegam a alguns de seus membros ou comissões as funções diretivas da escola.

A esfera SOCIOECONÔMICA organiza-se através da Diretoria da Associação , órgão deliberativo, eleita em Assembléia Geral e composta por representantes dos professores e representantes dos pais. É a instância responsável por acompanhar as ações das diversas comissões, compostas também por professores e por pais, assim como o gerenciamento das atividades dos funcionários administrativos da escola.

O Conselho de Pais é um órgão consultivo, formado por pais representantes de cada sala, que dá suporte às demais instâncias deliberativas da escola.